Los órganos de gobierno de la Cámara Oficial de Comercio e Industria de Córdoba son el Pleno, el Comité Ejecutivo y la Presidencia. En el Pleno, máximo órgano de gobierno de la Institución, se encuentran las empresas que representan a los distintos sectores económicos de la provincia, en función de su peso económico y que son elegidos democráticamente por las propias empresas.

El Pleno es el órgano supremo de gobierno y representación de la Cámara. Está compuesto por empresas de la demarcación y por personas de reconocido prestigio en la vida económica, elegidos democráticamente cada cuatro años. Este órgano aprueba el presupuesto cameral, determina la política de la Cámara y elige al Presidente y a los miembros del Comité Ejecutivo.

El Comité Ejecutivo, elegido democráticamente por el Pleno, es el órgano permanente de gestión, administración y propuesta de la Cámara. Está formado por el Presidente, Vicepresidentes, el Tesorero y los vocales del Pleno que éste haya designado. Entre sus atribuciones, se encuentra proponer al Pleno los programas anuales de actuación y gestión corporativa, aprobar los presupuestos ordinarios de ingresos y gastos, así como los extraordinarios, aparte de dirigir su ejecución una vez aprobados. El Presidente, elegido cada cuatro años por el Pleno de la Cámara, ostenta la representación de la Cámara, preside todos sus órganos colegiados y es el responsable de la ejecución de sus acuerdos. Desde el 13 de mayo de 2010, el presidente de la Cámara Oficial de Comercio e Industria de Córdoba es Ignacio Fernández de Mesa y Delgado.